Forward
Hi! This is a collection of COVID-19 related graphs that I've
cobbled together and found
interesting. Although it's
very unclear how useful any of these statistics are, I
can't stop watching them, so I've made this webpage automatically
update with the latest data I can find.
The data is gathered from a variety of
sources , and as such any one of them may flake out and cause
unpredictable things to happen on this page.
Graph groups
Tokyo
Japan
JHU reported cases in Japan : cumulative
JHU reported cases in Japan : cumulative
JHU reported cases in Japan : weekly
JHU reported cases in Japan : weekly
Japan covid-19 inpatient case status over time
Japan covid-19 inpatient case status over time : available beds count from stopcovid19.jp
Japan confirmed case density by age and death status
Japan confirmed cases by age/sex and death status
cases confirmed at airports : by age, color by airport
Monthly cases confirmed at airports by citizenship
confirmed cases at airports by date : sliced by asymptomatic
confirmed cases at airports by date : sliced by travel history (note: not nationality)
confirmed cases at airports : sliced by sex
PCR test positivity at airports : assuming all 'Quarantine Station' tests are at airport. dashed line is 1-week mean.
monthly border-crossings by nationality after 2020-04 : 2020年04月から 月別 国籍・地域別 出入(帰)国者数
monthly border-crossings by nationality after 2020-04 unstacked : 2020年04月から 月別 国籍・地域別 出入(帰)国者数
log2 odds ratio of foreign vs Japanese nationality holder testing positive at border : error bars indicate 95% confidence interval
log2 odds ratio of testing positive at border entry given nationality : error bars indicate 95% confidence intervals
monthly test positivity at border by nationality (assuming all entrants are tested) : error bars & shaded areas indicate 95% confidence intervals as though confirmed counts were binomials
monthly entries and exits by nationality : delta (△+/▽-) shows flux (entry - exit) for that nationality or total
monthly foreign entrants to Japan by nationality : 月別 国籍・地域別 外国人入国者数
confirmed case deaths by date of death : breakdown by prefecture, observed R of deaths : treating deaths as incidence. 2 week windows SI mean=3.96 sd=2
Japan confirmed cases by age and date : as a fraction of population in same age/sex demographic
Japan confirmed cases by age and date
Japan confirmed cases by age/sex/death-status and date of confirmation
Japan deaths by age and date
Ambulance delays incidents relative to pre-covid reference year (救急搬送困難事案数:コロナが始まる前年からの差分) : Counts per week (週別). Columns start from negative reference week count (棒が前年の値を負から始まり表している).
Prefectures with <100 cases per year omitted (前年に100件未満の当道府県を除く)
Ambulance delays incidents (救急搬送困難事案数) : Counts per week (週別)
paste("Log", phantom()[{
paste("2")
}], " odds ratio of confirmation vs non-confirmation by age/sex") : error bars represent 95% CI
paste("Log", phantom()[{
paste("2")
}], " odds ratio of death vs survival ", "(", "given confirmation", ")", " by age/sex") : error bars represent 95% CI
Correlations (pearson) between different types of mobility by day of week : for a few prefectures
Correlations (pearson) between different types : means within the same day of the week
Change in correlations between mobilities over time : using 4w means of mobilities and 8w windows for correlation
Correlations (pearson) between workplace and retail/recreation mobility : mean of correlations within same day of week
Correlations (pearson) between workplace and retail/recreation mobility : mean of correlations within same day of week
average regional vs national difference in workplace mobility by weekday : bars indicate median, errorbars indicate 25%tile and 75%tile values
Workplace mobility weekday variance
Odds ratio of confirmation by age, for given sex over time : odds in preceeding ~3 months
Odds ratio of confirmation by age, for given sex over time : odds in preceeding ~3 months
Odds ratio of death:survival by age, for given sex over time : odds vs death in 21 days given confirmation in preceeding ~3 months
Odds ratio of death:survival by age, for given sex over time : odds vs death in 21 days given confirmation in preceeding ~3 months
odds ratio of being a severe case (vs not-severe active case) on a given week by age
重症者と重症ではない入院と要する人になっている週別のオッズ比 : shaded area represents 95% CI. 灰色背景は95%信頼空間を表す
odds ratio of being a severe case (vs not-severe active case) on a given week by age : 重症者と重症ではない入院と要する人になっている週別のオッズ比
Japan severe cases over time by age group
Weekly antigen tests by type and institution : as stacked columns
Weekly antigen tests by type and institution : as separate lines
Weekly PCR test capacity used and unused by insitution. Last 12 weeks : 国内における新型コロナウイルスに係るPCR検査の使用と未使用の容量. 最近の12週間.
Weekly PCR test capacity used and unused by insitution : 国内における新型コロナウイルスに係るPCR検査の使用と未使用の容量
Daily PCR test capacity by insitution
weekly tests by type
fraction of tests using antigen testing : weekly values
weekly tests : 国内における新型コロナウイルスに係るPCR検査の実施状況(結果判明週ベース)
Tests PCR by type of institution : 国内における新型コロナウイルスに係るPCR検査の実施状況(結果判明日ベース)
PCR Tests by type of institution (PCR検査判明数・検査機関別) : lines represent the 1 week daily average (線が1週間分の平均)
Test PCR capacity utilization by type of institution : points are daily values, lines are weekly values
weekly confirmed and death counts by age group
death and survival@21 days of cases in last 3 months : case fatality odds (death:survival) @ 21days. shaded area represents 95% CI assuming deaths:survival as binomial
death and survival@21 days of cases in last 3 months : case fatality rate @ 21days. shaded area represents 95% CI assuming deaths:survival as binomial
death and survival@21 days of cases in last 3 months : case counts
death and survival@21 days of cases in last 3 months : case counts
Number of active cases as a fraction of designated hospital/care beds (対策病床の使用率) : Dashed horizontal lines represent 100% and 60% (the Osaka emergency threshold).
Number of active cases and designated hospital/care beds : 入院要する者と対策病床.
Number of active cases and designated hospital/care beds : 入院要する者と対策病床.
Cumulative confirmed per 1M population by prefecture
Cumulative dead per 1M population by prefecture
Cumulative people tested per 1M population by prefecture
Daily counts of confirmed by prefecture : solid line indicates 1 week average (outliers dropped)
Daily counts of dead by prefecture : solid line indicates 1 week average (outliers dropped)
Daily counts of confirmed per 1M population by prefecture : solid line indicates 1 week average (outliers dropped)
Daily counts of dead per 1M population by prefecture : solid line indicates 1 week average (outliers dropped)
Daily counts of people tested per 1M population by prefecture : solid line indicates 1 week average (outliers dropped)
Daily counts of people tested by prefecture : solid line indicates 1 week average (outliers dropped)
Japan cumulative deaths by date and prefecture : white dashed line indicates log-linear fit
Japan weekly deaths by date and prefecture
Japan weekly deaths by date and prefecture
MHLW-derived "pseudoprevalence": latest weekly confirmations per 1M pop * R (先週の(人口100万人当たりの)陽性判定数 * R) : error bars represent R 95% CI (白いエラーバーはRの95%の信頼空間を表す)
paste("MHLW derived latest observed log", phantom()[{
paste("2")
}], "R per todoufuken ", "(", "当道府県別、この1週間の間に観測されたlog", phantom()[{
paste("2")
}], "R") : error bars represent 95% CI (白いエラーバーは95%の信頼空間を表す)
Japan todoufuken by latest "testing-peril index"
Japan todoufuken by "testing peril index"
p-value of correlation (pearson) between different mobility groups and observed R : R estimated over confirmed announcement dates in 1 week windows
Correlation (pearson) between different mobility groups and observed R : R estimated over confirmed announcement dates in 1 week windows
Observed log(R) and log(mobility) : R of preceeding 7 day window of confirmed cases, shifted 12 days earlier
Observed R and mobility : 1 week windows, date of symptoms as incidence, assuming serial interval mean=3.96 sd=2
Weekly testing and confirmation sliced by todoufuken : ordered by population
Japan todoufuken "testing peril index" (growth of confirmations to growth of testing & positivity slack) over time : todoufuken sorted by population
Week over week growth of people confirmed and tests sliced by prefecture : from MHLW stats
newly confirmed cases per person tested in Japan : MHLW aggregate
People PCR tested in Japan (1 week average) : MHLW aggregate
Animation of Japan weekly confirmed per population over time
Animation of Japan observed log2(R) over time
Vaccination
Predictions
Google Covid19 forecast error in log2(weekly confirmed per 1M population) : error as 'prediction - observation'
Google Covid19 forecast error in log2(R) : error as 'prediction - observation'
Google Covid19 forecast log2(confirmed per 1M pop) vs ground-truth : colored by forecast date
Google Covid19 forecast log2(confirmed per 1M pop) vs ground-truth : colored by forecast distance into future
Google Covid19 forecast log2(R) vs ground-truth : thick white line indicates ground-truth. forecasts colored by forecast date
paste("Sum of Google forecast errors in log", phantom()[{
paste("2")
}], " confirmed cases per 1M population per forecast-day vs population")
paste("Total Google forecast absolute error in log", phantom()[{
paste("2")
}], " confirmed cases per 1M population per forecast-day")
paste("Sum of Google forecast errors in log", phantom()[{
paste("2")
}], " confirmed cases per 1M population per forecast-day")
japan error underover
Predicted confirmation 8 days later for all prefectures based on mobility, variants, and vaccination.
8日後に移動、ワクチン、変異を基づいた予測による人口当たりの陽性者数の差分。
Changes in predicted log2 daily cases (1w mean) per 1M population : based on mobility, variants, and vaccination
predicted growth & cases in Aichi based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる愛知県における予測されたR
predicted growth & cases in Akita based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる秋田県における予測されたR
predicted growth & cases in Aomori based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる青森県における予測されたR
predicted growth & cases in Chiba based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる千葉県における予測されたR
predicted growth & cases in Ehime based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる愛媛県における予測されたR
predicted growth & cases in Fukui based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる福井県における予測されたR
predicted growth & cases in Fukuoka based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる福岡県における予測されたR
predicted growth & cases in Fukushima based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる福島県における予測されたR
predicted growth & cases in Gifu based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる岐阜県における予測されたR
predicted growth & cases in Gunma based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる群馬県における予測されたR
predicted growth & cases in Hiroshima based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる広島県における予測されたR
predicted growth & cases in Hokkaido based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる北海道における予測されたR
predicted growth & cases in Hyogo based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる兵庫県における予測されたR
predicted growth & cases in Ibaraki based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる茨城県における予測されたR
predicted growth & cases in Ishikawa based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる石川県における予測されたR
predicted growth & cases in Iwate based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる岩手県における予測されたR
predicted growth & cases in Kagawa based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる香川県における予測されたR
predicted growth & cases in Kagoshima based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる鹿児島県における予測されたR
predicted growth & cases in Kanagawa based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる神奈川県における予測されたR
predicted growth & cases in Kochi based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる高知県における予測されたR
predicted growth & cases in Kumamoto based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる熊本県における予測されたR
predicted growth & cases in Kyoto based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる京都府における予測されたR
predicted growth & cases in Mie based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる三重県における予測されたR
predicted growth & cases in Miyagi based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる宮城県における予測されたR
predicted growth & cases in Miyazaki based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる宮崎県における予測されたR
predicted growth & cases in Nagano based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる長野県における予測されたR
predicted growth & cases in Nagasaki based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる長崎県における予測されたR
predicted growth & cases in Nara based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる奈良県における予測されたR
predicted growth & cases in Niigata based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる新潟県における予測されたR
predicted growth & cases in Oita based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる大分県における予測されたR
predicted growth & cases in Okayama based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる岡山県における予測されたR
predicted growth & cases in Okinawa based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる沖縄県における予測されたR
predicted growth & cases in Osaka based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる大阪府における予測されたR
predicted growth & cases in Saga based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる佐賀県における予測されたR
predicted growth & cases in Saitama based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる埼玉県における予測されたR
predicted growth & cases in Shiga based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる滋賀県における予測されたR
predicted growth & cases in Shimane based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる島根県における予測されたR
predicted growth & cases in Shizuoka based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる静岡県における予測されたR
predicted growth & cases in Tochigi based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる栃木県における予測されたR
predicted growth & cases in Tokushima based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる徳島県における予測されたR
predicted growth & cases in Tokyo based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる東京都における予測されたR
predicted growth & cases in Tottori based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる鳥取県における予測されたR
predicted growth & cases in Toyama based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる富山県における予測されたR
predicted growth & cases in Wakayama based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる和歌山県における予測されたR
predicted growth & cases in Yamagata based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる山形県における予測されたR
predicted growth & cases in Yamaguchi based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる山口県における予測されたR
predicted growth & cases in Yamanashi based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる山梨県における予測されたR
predicted growth & cases in Aichi based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる愛知県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Akita based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる秋田県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Aomori based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる青森県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Chiba based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる千葉県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Ehime based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる愛媛県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Fukui based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる福井県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Fukuoka based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる福岡県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Fukushima based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる福島県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Gifu based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる岐阜県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Gunma based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる群馬県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Hiroshima based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる広島県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Hokkaido based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる北海道における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Hyogo based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる兵庫県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Ibaraki based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる茨城県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Ishikawa based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる石川県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Iwate based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる岩手県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Kagawa based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる香川県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Kagoshima based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる鹿児島県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Kanagawa based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる神奈川県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Kochi based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる高知県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Kumamoto based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる熊本県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Kyoto based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる京都府における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Mie based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる三重県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Miyagi based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる宮城県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Miyazaki based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる宮崎県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Nagano based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる長野県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Nagasaki based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる長崎県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Nara based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる奈良県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Niigata based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる新潟県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Oita based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる大分県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Okayama based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる岡山県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Okinawa based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる沖縄県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Osaka based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる大阪府における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Saga based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる佐賀県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Saitama based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる埼玉県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Shiga based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる滋賀県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Shimane based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる島根県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Shizuoka based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる静岡県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Tochigi based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる栃木県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Tokushima based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる徳島県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Tokyo based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる東京都における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Tottori based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる鳥取県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Toyama based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる富山県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Wakayama based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる和歌山県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Yamagata based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる山形県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Yamaguchi based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる山口県における予測されたR : with signals : シグナル付き
predicted growth & cases in Yamanashi based on mobility, variants, vaccination : 移動、ワクチン、変異、データによる山梨県における予測されたR : with signals : シグナル付き
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